Bibliographies

[r1] Franck Valentin. Conception et programmation d'un gestionnaire graphique de processus bioinformatiques d'analyse de séquences et application à l'identification des résidus encodant la spécificité de la reconnaissance de l'interleukine-2 humaine par ses récepteurs. Mémoire, pp. 11-22, Septembre 2004.

[r2] Philippe Gouret. Automatisation de Processus d'Annotation Génomique Contrôlée par Système Expert. Mémoire de Thèse, pp. 12-19, 2009.

[r3] Étienne Lord. L'utilisation des flux de travaux (workflows) pour l'analyse de grands jeux de données phylogénétiques: la plateforme Armadillo. Présentation pour le cours BIF7002, Mars 2013.

[r4] Wil van der Aalst, Kees van van Hee. Workflow Management: Models, Methods, and Systems (Cooperative Information Systems series) The MIT Press, January 2004.

[r5] Naruya Saitou, Masatoshi Nei. The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Molecular Biology and Evolution, volume 4, issue 4, pp. 406-425, July 1987.

[r6] Sokal R and Michener C. A statistical method for evaluating systematic relationships. University of Kansas Science, bulletin 38, pp. 1409-1438, 1958.

[r7] Jerzy Neyman. Molecular studies of evolution: a source of novel statistical problems. In Gupta, S. and Yackel, J. (Eds.) Statistical Decision Theory and Related Topics. NY Academic Press, pp. 127, 1971.

[r8] Joe Felsenstein. Cases in which parsimony and compatibility methods will be positively misleading. Syst. Zool., 27, pp. 401-410, 1978.

[r9] Yoann Mouscaz. Les arbres phylogénétiques: construction et interprétation. bioinformatique & Découverte. Site http://bioinfo-fr.net/les-arbres-phylogeniques-construction-et-interpretation, Août 2012.

[r10] Frédéric Delsuc, Emmanuel J. P. Douzery. Les méthodes probabilistes en phylogénie moléculaire, (2) Lapproche bayésienne. Biosystema 22 , Avenir et pertinence des méthodes danalyse en phylogénie moléculaire, pp. 75-86, 2004.

[r11] Huelsenbeck, J. P., and F. Ronquist. MrBayes: Bayesian inference of phylogeny. Bioinformatics, 17, pp. 754-755, 2001.

[r12] Danforth, Bryan N. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, pp. 286-290, 2002.

[r13] Migliorini Sara, Gambini Mauro, La Rosa Marcello, & ter Hofstede Arthur H.M. Pattern-Based Evaluation of Scientific Workflow Management Systems. BPM Center Report, BPM-11-03, BPMcenter.org, 2011.

[r14] Hai Hu, Richard J. Mural, Michael N. Liebman. Biomedical Informatics in Translational Research. July 2008.

[r15] Mark Holder, Lewis Paul O. Phylogeny estimation: traditional and Bayesian approaches. Nat. Rev. Genet., 4, pp. 275-284, 2003.

[r16] Abdoulaye Baniré Diallo. Notes de cours BIF7001: bioinformatique avancée, 2009.

[r17] Louise-Amélie Schmitt. Galaxy: Bien plus quun gestionnaire de workflows. Site http://bioinfo-fr.net/galaxy-bien-plus-quun-gestionnaire-de-workflows, Avril 2012.

[r18] Goecks J, Coraor N, Team TG, Nekrutenko A, Taylor J. NGS analyses by visualization with Trackster. Nat Biotechnol., 30(11), pp. 1036-1039, 2012.

[r19] Isabelle Quinkal, François Rechenmann. Article présentant la bioinformatique. Site http://interstices.info/jcms/c_6474/bioinformatique, 2013.