« La Bioinformatique est un domaine de recherche qui analyse et interprète des données biologiques, au moyen de méthodes informatiques, afin de créer de nouvelles connaissances en biologie » (Quinkal et Rechenmann, r19) Elle a trois principales activités : l'acquisition et organisation des données biologiques, la conception de logiciels pour l'analyse, la comparaison et la modélisation des données puis finalement l'analyse des résultats produits par les logiciels. Les logiciels développés et utilisés par les biologistes sont de natures très diverses, et lorsqu'ils sont utilisés en enchaînement, les systèmes de gestion de flux de travaux permettent de faciliter leur interaction, leur enchaînement et en même temps offrent la performance d'exécution et la convivialité d'utilisation aux biologistes.

Ce rapport fait suite à la présentation d'Étienne Lord sur l'utilisation du système de gestion de flux de travaux Armadillo dans l'étude phylogénétique, dans le cadre du cours BIO7002 du programme de DESS en Bioinformatique à l'Université du Québec à Montréal. Dans la première partie du rapport, les notions de base menant à la phylogénie et les flux de travaux seront rappelées, puis à la deuxième partie du rapport, Armadillo ainsi que les systèmes de gestion de flux de travaux similaires à Armadillo seront présentés.