Armadillo est un projet de recherche universitaire, développé par lUQAM et gratuit, pour la recherche phylogénétique et phylogénomique. Il est disponible sur le site http://adn.bioinfo.uqam.ca/armadillo/

Tout comme Taverna, Armadillo supporte les deux types de flux de travaux, à la fois de type data-flow et de type control-flow mais à la différence avec Taverna, Armadillo est sans programmation.  Le logiciel couvre  les besoins habituels en bioinformatique tels que :

1.  Alignement de séquences multiples (MSA)

2.  Modèle d'inférence évolutif 

3.  Détection horizontale de transfert de gène

4.  Méthodes d'inférence d'arbres phylogénétiques comme les méthodes à distance, maximum de vraisemblance, maximum parcimonie et bayésienne

5.  Requêtes BLAST automatiques en utilisant le serveur NCBI

6.  Manipulation d'arbres phylogénétiques en utilisant le logiciel PHYLIP

7.  Visualisation des arbres phylogénétiques et des réseaux

8.  Convivialité (WYSIWIG) et facilité d'utilisation pour les non-programmeurs en bioinformatique

Figure 16: Interface du logiciel Armadillo

 

L'approche entreprise du logiciel de gestion de flux de travaux Armadillo se différencie avec celles préconisées par Galaxy et Taverna.

Figure 17 : Résumé des différences entre Galaxy, Taverna et Armadillo (Étienne Lord, 2011)

Armadillo se différencie aussi par des fonctionnalités telles que :

1.  Utilisation des types de données biologiques comme séquence, séquences multiples, alignement, séquence ancestrale, arbre, arbres multiples, texte, etc.

2.  Utilisation d'une base de données SQLite pour la collecte automatique des données

3.  Gestionnaire combinant l'arbre phylogénétique et des séquences biologiques

4.  Aucune connaissance en programmation nécessaire

5.  Formats de séquences et d'arbres standards sont supportés (FASTA, PHYLIP, Newick)

6.  Conversion automatique de données de séquences biologiques en utilisant readseq

7.  Affichage des séquences biologiques et des arbres phylogénétiques en utilisant PhyloWidget

8.  Exécution locale ne nécessitant pas un accès Internet

9.  Armadillo est un logiciel de flux de travaux dédié à létude phylogénétique, alors que Galaxy et Taverna peuvent être utilisés à d'autres fins.

Figure 18: Différences d'approche pour les flux de travaux entre Taverna et Armadillo (Étienne Lord, r3)

L'analyse des données utilisant le logiciel de gestion de flux de travaux Armadillo s'effectue principalement en trois étapes :

1.  Définition des données dans la fenêtre « Database Content », en important les données et les inclure sur la feuille de travail.

2.  Définition des flux de travaux, en spécifiant par « drag & drop » les données dans « Database Content » et les méthodes dans « Tools and datasets » et en les connectant.

3.  Exécution du flux de données ainsi défini et observation des résultats, des données en sorties ou des graphiques.

Figure 19: Exemple de flux de travaux pour l'alignement de séquences dans Armadillo

La fenêtre « Output » permet d'observer les messages d'exécution des outils intégrés, par exemple :

 

Lorsque l'exécution du flux de travaux se termine, le résultat peut être observé sous forme de textes ou de graphiques, dépendamment de l'outil choisi.

Figure 20: Exemple de résultat sous forme de textes de l'outil « ClustalW » dans Armadillo

Figure 21: Exemple de résultat sous forme graphique de l'outil « ClustalW » dans Armadillo