Le flux de travaux (workflows) est défini comme la représentation d'une suite de tâches ou opérations effectuées par un ou plusieurs programmes informatiques dans un ou plusieurs systèmes, etc. Le terme flux renvoie au passage les données, de l'information, etc., d'une étape à l'autre (Workflows - Wikipedia, 2013)

Le flux de travaux est basé sur le concept du réseau de Pétri: « Réseau de Pétri (T,P,A) comprenant une source (s) E P, un puits (p) E P et pour lequel chaque transition t E P U T se retrouve dans un chemin de s à p. Normalement un graphe dirigé acyclique. » (Étienne Lord, r3)

Figure 10: Flux des travaux (Wil van der Aalst et al., r4) et réseau de Pétri (Étienne Lord, r3)

Les flux de travaux se concentrent principalement en deux catégories: data-flow et control-flow (Migliorini et al., r13)

1.  Dans les flux de travaux de type data-flow, l'ordonnancement des tâches est déterminé par la disponibilité des données. Plusieurs tâches peuvent ainsi être exécutées en parallèle sans qu'une structure de flux de travaux particulière soit définie. Un exemple de data-flow serait le tableur, puisque la modification de la valeur d'une variable entraîne automatiquement la réévaluation des variables qui en dépendent.

2.  Dans les flux de travaux traditionnels de type control-flow, par exemple dans le domaine des affaires, l'ordonnancement des tâches est déterminé par un ordre imposé par la complétion des tâches.

Figure 11: Exemple de flux de travaux de reconstruction phylogénomique
par Peters et al., (2011) BMC Biology 9:55. Présentation d'Étienne Lord (Étienne Lord, r3)