Afin de rattraper la courbe de croissance des données et l'amélioration des connaissances des algorithmes heuristiques plus exacts et efficaces, l'utilisation des calculs distribués est nécessaire dans les logiciels de gestion de flux de travaux. Les défis associés à une utilisation distribuée sont multiples, et chaque logiciel de gestion de flux de travaux a son lot de problèmes :

1.  La gestion des données sur plusieurs plateformes hétérogènes

2.  La communication entre des plateformes hétérogènes de haute-performance

3.  La gestion des erreurs entre les logiciels de gestion de flux de travaux et entre les outils utilisés dans le logiciel de gestion de flux de travaux pour résoudre le problème

4.  L'optimisation de la distribution des processus à exécuter

5.  La sécurité, confidentialité et intégrité, des données en entrée, des données en sortie et des résultats