Taverna

Taverna est un projet de recherche universitaire, développé par Microsoft. C'est une application qui permet de construire et d'exécuter des enchaînements de tâches élémentaires, c'est-à-dire des flux de travaux, à la fois de type data-flow et de type control-flow avec programmation. Chaque étape de ces chaînes de traitements correspond à l'exécution d'un outil disponible localement ou sous forme de service web. L'outil propose en standard de nombreux services spécifiques de type WSDL, BioMart, BioMoby, SoapLab, R, Beanshell, REST, XPath services, etc.

Figure 14: Exemple dinterface du logiciel Taverna

Taverna offre une multitude de fonctionnalités de recherche, de chargement et de partage des flux de travaux stockés sur le site myExperiment, et assure une interopérabilité avec Galaxy en générant automatiquement des outils Galaxy à partir des flux de travaux Taverna avec l'outil associé Taverna-Galaxy.

Figure 15: Exemple de flux de travaux sur myExperiment

L'architecture par plugin facilite l'intégration des développements externes. Cependant, les flux de travaux créés sont sauvegardés sous le SCUFL2 (Simple Conceptual Unified Flow Language), un format XML propre à Taverna, la difficulté à comprendre le format des données d'entrées attendues et celui des données de sorties, et l'utilisation des fichiers plutôt qu'une base de données, sont les principales limitations de Taverna.